铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析

作者: 陈泽斌 [1] 李冰 [2] 高熹 [3] 王定斌 [4] 靳松 [1] 郭丽红 [5]

关键词: 铁皮石斛内生细菌多样性高通量分析

摘要：为揭示铁皮石斛不同器官中内生细菌的分布规律,应用Illumina测序平台的MiSeq高通量测序仪对铁皮石斛根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序,对测得数据进行生物信息学分析,评价物种Alpha多样性和Beta多样性.经FLASH软件对序列进行拼接,茎、叶、根样品分别获得64 851、77 499、52 157条原始序列,经Qiime软件过滤,再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列,最终分别得到64 742、77 351、52 064条有效序列,在97％的序列相似性水平上,这些有效序列被Uparse软件划分为61、134、112个操作分类单元(OTUs).序列比对结果表明,假单胞菌属(Pseudomonas)和食酸菌属(Acidovorax)细菌在根、茎、叶中都是优势菌,瘤胃球菌属(Ruminococcus)、Faecalibacterium属、甲基杆菌属(Methylobacterium)、希瓦氏菌属(Shewanella)细菌表现出组织专一性.丰度聚类分析及主成分分析表明,根和叶中内生细菌群落结构最为相似.铁皮石斛植株内蕴含丰富的细菌资源,其分布受组织结构及成分因素影响表现出器官差异性.

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铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析

作者: 陈泽斌 [1] 李冰 [2] 高熹 [3] 王定斌 [4] 靳松 [1] 郭丽红 [5]

关键词: 铁皮石斛 内生细菌 多样性 高通量分析

关键词: 铁皮石斛内生细菌多样性高通量分析